未按时进行代理记账年审将被责令限期整改，拒不整改的将被列入重点关注名单并向社会公示‌，若机构不再符合代理记账资格条件且逾期未改正，‌将被撤销代理记账资格‌。

根据财政部规定，代理记账机构需在每年‌4月30日前‌完成年度备案（试点地区为3月31日前）。逾期未备案的后果包括：

• ‌限期整改与公示风险‌：财政部门将责令其限期整改，若拒不整改，机构将被列入‌重点关注名单并向社会公示‌，影响机构公信力和业务承接能力。
• ‌资格撤销风险‌：若机构已取得代理记账许可但不再持续符合设立条件（如专职人员少于3名、负责人无相应资质等），被责令60日内整改，逾期仍未达标的，‌将被撤销代理记账资格‌。
• ‌业务受限‌：一旦资格被撤销，机构将无法继续开展代理记账业务，相关会计人员也可能面临执业风险。
• ‌联合惩戒‌：在专项整治中，存在无证经营、虚假承诺等行为的机构将被重点查处，相关信息可能记入会计领域违法失信记录，实施联合惩戒。

此外，即使机构未实际开展业务，只要持有代理记账许可证，也必须按时备案，否则同样面临上述后果。